Sekolah Tinggi Agama Islam Muhammadiyah Paciran Lamongan berdiri pada tanggal 10 Juli 1994 dan mulai menerima mahasiswa baru pada tahun akademik 1994/1995 mendapatkan ijin pendirian melalui SK Menteri Agama Nomor : 273 tahun 1995 tanggal, 23 Juni 1995 dan sekaligus Status terdaftar melalui SK Menteri Agama RI Nomor 273 tahun 1995 tanggal 23 Juni 1995.

Pada dasarnya berdirinya Program Studi PAI STAI Muhammadiyah Paciran,adalah melanjutkan dan mengembangkan misi pondok pesantren yaitu menghasilkan mu’allim atau guru agama Islam yang siap mengabdikan diri dan mengembangkan nilai dan ajaran Islam melalui lembaga pendidikan formal maupun pendidikan non formal, yang mampu mengambil kelebihan perkembangan ilmu pengetahuan dan dengan tetap mempertahankan kedalaman nilai-nilai keislaman pesantren. Namun demikian dengan memperhatikan laju perkembangan ilmu pengetahuan, perubahan peraturan dan perundang-undangan yang berlaku dalam dunia pendidikan, dinamika tuntutan dan kebutuhan masyarakat, serta sistem manajemen pengelolaan STAI Muhammadiyah Paciran, mempengaruhi  dinamika perkembangan dalam penjabaran atau perumusan visi, misi, tujuan dan sasaran dalam setiap periode kepemimpinan lembaga, sesuai dengan kemampuan dan tantangan yang dihadapi, serta sasaran yang hendak dicapai pada masing-masing periode tersebut. Demikian pula  dengan keadaan,tantangan maupun sarana yang hendak dicapai pada periode sekarang ini.